公司因住院请假视为自动离职违法。依据《劳动法》，员工因病需请假，公司应合理批准。未经批准视为自动离职，侵犯员工权益，可能导致劳动纠纷及赔偿。
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处理方式有协商、仲裁、诉讼。首先尝试与公司协商；协商不成，可向劳动仲裁委申请仲裁；仍不满，可向法院提起诉讼，维护自身权益。
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公司做法违法。应对如下：1.收集请假证据，如通话记录、医院证明；2.与公司沟通，要求恢复工作或补偿；3.若公司拒绝，向劳动仲裁委申请仲裁，提交证据；4.必要时，向法院起诉，维护合法权益。